Платники збору обчислюють суму збору наростаючим підсумком з початку року, складають податкові декларації за формою, затвердженою наказом Міністерства фінансів України від 21.12.2012 року № 1403 «Про затвердження форм податкових декларацій збору за спеціальне використання води» та подають їх органам державної податкової служби за місцем податкової реєстрації. У зв’язку зі зміною ставок протягом звітного періоду в податковій декларації збору за I квартал 2013 року дані відображаються двома окремими рядками: за період з 01.01.2013р. по 03.01.2013р. та за період з 04.01.2013р. по 31.03.2013р.

Одночасно з податковими деклараціями платники збору подають органам державної податкової служби копії дозволу на спеціальне водокористування, договору на поставку води та статистичної звітності про використання води.

У разі зміни умов водокористування, видачі протягом року нових дозволів на спеціальне водокористування, укладення договорів на поставку води  водокористувачі, які отримали переоформлені дозволи на спеціальне водокористування, договори на поставку води, зобов’язані протягом 10 днів повідомити про це органам державної податкової служби та органам водного господарства.
Роз’яснення з цього питання надані листом ДПС України від 28.01.2013 року № 1947/7/15-2117 «Про особливості адміністрування збору за спеціальне використання води у 2013 році».

Граничні терміни подання податкової декларації та сплати  збору залишилися незмінними.